El Valle de Cuatro Cienegas fue declarado en 1994 Area Natural Protegida y constituye hoy uno de los grandes santuarios de la biodiversidad del País.
La biodiversidad que se desarrolla sobre el sustrato de yeso del Área de Protección de la Flora y Fauna Cuatro Ciénegas, es única y hace que se considere de las regiones gipsófilas más importantes de Norteamérica. La vegetación presenta un pastizal alcalino en el piso seco de la cuenca, hábitat acuáticos y semi-acuáticos donde se localiza el lirio acuático, especie nativa; dunas de yeso que albergan 6 especies endémicas, zona de transición y matorral desértico de las bajadas. Este último con gran diversidad de cactáceas, algunas de protegidas por la norma, e incluso, 4 especies endémicas.
Cuatro Ciénegas se halla en el fondo de una cuenca rodeada por las cordilleras de la Menchaca, la Fragua, la Madera, San Marcos y Pinos, que forman parte de la Sierra Madre Oriental. Esta peculiar situación geográfica favoreció durante miles de años el aislamiento y protección de la flora y fauna, que hacen de Cuatro Ciénegas un lugar único en el mundo.
